换一批基于多维液相色谱质谱组合分析的痢疾杆菌蛋白质基因组学
Proteogenomics analysis of Shigella by combined multidimensional liquid chromatography tandem mass spectrometry
摘要目的 应用多维液相色谱质谱组合体系为基础的蛋白质组学方法对福氏痢疾杆菌基因组注释进行完善.方法 痢疾杆菌福氏2a型301株(Sf2a301)的全菌蛋白经胰酶消化,二维液相色谱分离后进行MALDI-TOF/TOF和ESI MS/MS组合鉴定,质谱数据分别应用MASCOT和SEQUEST软件检索基于Sf2a301全基因组构建的6个读码框数据库,完成对原基因组注释的验证和补充.结果 研究表明多维液相色谱质谱组合体系能够增加鉴定蛋白的覆盖率,共鉴定Sf2a301的1231个蛋白编码基因产物,涵盖了COGs数据库22个功能分类组中的20个,包含306个功能未知的假定蛋白.发现了9个未注释的基因,得到RT-PCR和Northern blot的进一步验证.新基因大多数是重叠基因,包含3个嵌套基因.结论 多维液相色谱质谱组合体系相对于单一的串联质谱技术能够更加有效验证、补充痢疾杆菌的基因组注释,更新后的基因组注释库为今后开展痢疾杆菌功能研究提供更多的靶点.
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栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1002-2694.2016.012.005
发布时间
2017-03-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
the National Natural Science Foundation of China（(81302323)）
the Science and Technology Research Project of the higher Education Institutions in Hebei Province（(QN20131059)）
the Training Foundation of North China University of Science and Technology（(GP201518)）
:the PhD Research Startup Foundation of North China University of Science and Technology
国家自然科学基金（(81302323)）
河北省高等学校科学技术研究项目（(QN20131059)）
华北理工大学培育基金项目（(GP201518)）
:华北理工大学博士科研启动基金联合资助
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