换一批杭州地区相同分子型别的单核细胞增生李斯特菌临床和食品分离株基因组分析
Genomic analysis of Listeria monocytogenes of clinical and food isolates of same molecular type in Hangzhou, China
摘要目的 研究杭州地区分子型别相同的临床和食品来源单核细胞增生李斯特菌在基因组水平的分子差异及进化关系.方法 利用高通量基因组测序和生物信息学分析方法对脉冲场凝胶电泳(Pulse-field gel electrophoresis,PFGE)型别一致的1株临床来源和6株食品来源的ST8型菌株进行基因组共线性、ncRNAs分布和毒力基因携带分析.联合NCBI Assembly数据库中ST8型菌株基因组,构建基于全基因组SNPs位点的进化树,进行溯源分析.结果 杭州地区临床和食品来源的菌株基因组共线性一致.菌株在毒力基因lmo0036和lmo2396的序列和rli48,rli62和rliG分子,质粒pLmA144的分布存在差异.基因组SNPs进化树显示ST8型菌株呈现高度同源.食品分离株中12-004与临床株12-103的进化上最接近,只有16个SNPs差异.结论 杭州市场近年肉类食品中存在遗传进化高度相似的一群ST8型单核细胞增生李斯特菌.杭州单核细胞增生李斯特菌临床分离株感染可能来自这群菌株.
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DOI
10.3969/j.issn.1002-2694.2019.00.129
发布时间
2019-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
浙江省医药卫生科技计划（No.2015KYB319）
杭州市重大科技项目（No.20162013A03）
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