从新生儿分离到1株ST5型单增李斯特菌的药敏及基因组特征分析

Drug sensitivity and genomic characteristics of a strain of Listeria monocytogenes ST5 isolated from a neonate

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摘要目的对1株新生儿感染ST5型单增李斯特菌LK100进行全基因组测序和耐药分析.方法从新生儿感染患者胃液标本中分离到1株疑似单增李斯特菌,采用VITEK2-Compact全自动微生物鉴定仪和16S RNA序列测定进行鉴定,对鉴定的菌株应用E-test法进行5种药物敏感性试验,同时利用三代测序平台对菌株进行全基因组测序,获得菌株基因组序列.基于基因组序列利用CARD抗生素耐药基因数据库获得菌株的耐药元件.基因组序列与巴斯德数据库中的单增李斯特菌的数据进行比对,获得菌株的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、血清分型;同时利用毒力分析网站对菌株的毒力基因分布进行分析.利用前噬菌体数据库,在线进行菌株噬菌体的预测和注释.结果从新生儿患者分离到的菌株(LK100)鉴定为单增李斯特菌,该菌株对青霉素、氨苄西林、美罗培南、红霉素及复方新诺明等5种抗生素均敏感,其MLST分型为ST5型,血清型为1/2b-3b,染色体基因组全长为3 032 582 bp,GC含量为37.91％,包含一条完整的环状质粒,序列长度为52 822 bp,携带LIPI-1毒力岛,且具有完整的InlA蛋白.固有耐药相关基因主要在染色体,1个SSI-1压力生存岛和1个LGI2基因组岛;LK100基因组中共预测到5个前噬菌体序列.结论本研究综合分析说明了 ST5型临床单增李斯特菌的基因组特征和抗生素敏感性特点,为后期临床单增李斯特菌的感染治疗及其致病机理的研究提供数据支持.