换一批2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究
Genomic characteristics of the Vibrio cholerae O1 group isolated from humans in Fujian Province,2008 to 2022
摘要目的 了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据.方法 收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC).运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析.结果 福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源.产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致.泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率.结论 福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测.
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关键词
霍乱弧菌全基因组测序生物信息学分析核心基因组多位点序列分型泛基因组Vibrio choleraewhole genome sequencingbioinformatics analysiscore-genome multilocus sequence typing(cgMLST)pan-genome
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1002-2694.2024.00.111
发布时间
2024-10-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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