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高质量临床微生物基因组参考数据库构建的思考

Considerations on the Construction of a High-Quality Clinical Microbial Genome Reference Database

二维码有效期 120s

摘要病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断.然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因组参考数据库等问题,一定程度上制约了该技术临床应用的进一步发展.本文介绍了高质量临床微生物基因组参考数据库建设现状,探讨了高质量临床微生物基因组参考数据库构建的技术要求、质量控制过程和实现方式,并提出相关思考和建议.

作者 刘东来 ^[1] 吴林寰 ^[2] 关文达 ^[3] 庞慧芳 ^[2] 胡松年 ^[4] 许四宏 ^[1] 学术成果认领

作者单位 中国食品药品检定研究院;国家药品监督管理局医疗器械质量研究与评价重点实验室;国家药品监督管理局体外诊断试剂质量研究与评价重点实验室 ^[1] 中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心 ^[2] 广州医科大学附属第一医院广州呼吸健康研究院 ^[3] 中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室 ^[4]

关键词病原宏基因组高通量测序生物信息学分析微生物基因组参考数据库建设现状技术要求 metagenomic next-generation sequencing bioinformatics analyses microbial genome reference database construction status technical requirements

分类号 R446（诊断学）

栏目名称

监管科学研究

DOI 10.3969/j.issn.1673-5390.2024.06.003

发布时间 2024-08-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

基金项目

国家重点研发计划（2022YFF1203201）国家重点研发计划（2022YFC2305300）中国食品药品检定研究院关键技术研究基金（GJJS-2022-2-2）药品监管科学全国重点实验室第二批课题（2024SKLDRS0212）