换一批Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
Signac.UIO:An Interactive R-Shiny Platform for Single-cell ATAC-seq Data Analysis and Visualization
摘要单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛.但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员科研群体中的推广应用.为此,本文基于R语言的Shiny框架,整合Signac与Seurat等主流分析工具,开发了模块化、可视化的scATAC-seq数据分析平台——Signac.UIO.平台包含数据质控、细胞过滤、降维聚类、差异分析、细胞注释、通路富集、模体识别与转录因子足迹等10个功能模块,覆盖分析流程各关键环节.用户可通过图形界面完成操作,获得交互式可视化结果.平台已在PBMC公开数据集上验证其稳定性与实用性,现部署于服务器(https://xulabgdpu.org.cn/Signac.UIO),为单细胞表观组学研究提供了高效和易用的技术支撑.
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关键词
单细胞染色质可及性R语言可视化平台交互式分析平台数据可视化生物信息学工具single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing(scATAC-seq)R-based Shiny application(R-Shiny)interactive analysis platformdata visualizationbioinformatics tool
分类号
Q3（遗传学）
栏目名称
DOI
10.13865/j.cnki.cjbmb.2025.09.1270
发布时间
2025-12-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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