换一批多实验平台下基因及异构体表达分析综述
A Review of Gene and Isoform Expression Analysis across Multiple Experimental Platforms
摘要转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础.差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况.当前大规模测量基因表达水平的实验平台主要包括基因芯片,以及基于高通量测序技术的RNA-Seq.首先介绍广泛使用的Affymetrix传统3'基因芯片、外显子芯片、较新的全转录组芯片,以及基于RNA-Seq技术的Illumina平台4个主流实验平台的技术原理;其次从基因表达水平计算和差异表达分析两方面介绍每个平台下一些主流数据分析方法和该研究设计的方法,分析每个平台下各数据分析方法的优劣,并进一步展示在标准数据集上一些代表性方法的对比结果.
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关键词
传统3'基因芯片外显子芯片HTA2.0芯片RNA-Seq基因表达分析traditional 3' GeneChipExon arrayHTA2.0RNA-Seqgene expression analysis
分类号
R318（医用一般科学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.0258-8021.2017.02.012
发布时间
2017-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（61170152）
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