HOMPPD:一个全面的人类口腔宏蛋白质组序列数据库

HOMPPD:A Comprehensive Protein Sequence Database for Human Oral Metaproteomic Studies

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摘要与宏基因组学相比,宏蛋白质组学可以系统地描绘微生物功能的动态变化,因此用其研究口腔微生物的组成和功能已成为一个新兴的领域.一个适当、完整的蛋白质组序列数据库在宏蛋白质组的数据分析中至关重要.在口腔宏蛋白质组研究中,常用的数据库为人类口腔微生物数据库(Human Oral Microbiome Database,HOMD),其中收录来自117个菌属和367个菌种的蛋白质组序列.但在近年来的口腔宏基因组研究中,已报道大量HOMD未收录的菌属.通过对宏基因组研究报道的95个菌属的蛋白质序列进行筛选和去冗余,然后与HOMD进行整合,构建一个更完整的人类口腔微生物蛋白质组数据库HOMPPD(Human Oral MetaProteome Plus Database);同时基于口腔微生物的高度个体化,提出对每个样本进行一次两步搜索的改进的两步检索法,最后利用已发表的唾液蛋白质组数据对其进行测试.通过整合,HOMPPD最终收录184个菌属和2 793个菌种的蛋白质组序列;测试结果表明,采用HOMPPD和改进的两步检索法可以鉴定到39个HOMD中未收录的新菌属和124个新菌种.新鉴定到的菌属主要分布在Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes三个门中.HOMPPD是目前为止收录蛋白质序列最全的口腔细菌蛋白质组数据库,使用其检索可以更加全面地鉴定唾液微生物的类群构成,其下载链接为ftp://111.198.139.72:4000//pub//metaproteomics//homppd.fasta.

作者宋婷婷 ^[1] 邵晨 ^[2] 杜鹏 ^[1] 张本煜 ^[2] 朱伟民 ^[2] 蒋继志 ^[3] 学术成果认领

作者单位河北大学生命科学学院,河北保定071000;国家蛋白质科学中心(北京)/北京蛋白质组研究中心/北京生命组学研究所,北京 102206 ^[1] 国家蛋白质科学中心(北京)/北京蛋白质组研究中心/北京生命组学研究所,北京,102206 ^[2] 河北大学生命科学学院,河北保定,071000 ^[3]

关键词宏蛋白质组学口腔微生物数据库

主题词口腔(Mouth)数据库(Database)蛋白质组(Proteome)人类(Humans)蛋白质组学(Proteomics)

分类号 R318

栏目名称论著

DOI 10.3969/j.issn.0258-8021.2019.03.008

发布时间 2019-07-22

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