新一代高通量RNA测序在黄热减毒活疫苗(鸡胚细胞)毒种库质控中的应用

Application of new generation high-throughput RNA sequencing in quality control of live attenuated yellow fever vaccine(chicken embryo cell)virus seed bank

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摘要目的采用新一代Illumina/Solexa测序平台对黄热减毒活疫苗(鸡胚细胞)毒种在基因组水平进行质量控制.方法将黄热减毒活疫苗YF17D-204毒株接种原代鸡胚细胞,筛选鸡胚细胞黄热减毒活疫苗适应株,建立YFV17D-CEC三级毒种库;提取各级毒种病毒基因组RNA,制备RNA文库,采用新一代Illumina/Solexa测序平台进行高通量 RNA测序,采用 FastQC、Trimmomatic、SPAdes、GapFiller、PrInSeS-G、Prokka、RepeatMasker、CRT、NCBI Blast+、KAAS、HMMER3、TMHMM,SignalP,LipoP、ProtCamp、MegAlign等生物学软件,对黄热病毒全基因组核酸序列进行基因组系统化分析.结果 YFV17D-CEC三级毒种库全基因组全长为10 862个核苷酸,其中119～10 354位(10 236 bp)为1个开放阅读框,编码3 412个氨基酸.序列比对分析显示,YFV17D-CEC三级毒种库序列与YFV17D RKI(JN628-279.1)、YF/Vaccine/USA/Sanofi-Pasteur-17D-204/UF795AA/YFVax(JX503529.1)YFV17D-204(KF769015.1)同源性均为100％,三级毒种库全基因组未发生突变.比较黄热减毒活疫苗不同疫苗株序列发现,黄热病毒具有多个多态性位点.结论 YFV17D-CEC在原代鸡胚细胞上具有良好的遗传稳定性.利用高通量RNA测序技术可快速检测YFV17D-CEC三级毒种库全基因组信息,序列分析数据可对黄热疫苗毒种库进行基因水平的质量控制.