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斑马鱼核纤层蛋白Lamins的生物信息学分析

Bioinformatic analysis of the sequences of lamins from different species

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学术成果认领

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摘要目的：了解斑马鱼核纤层蛋白（ lamins）的重要遗传信息。方法在UCSC、Vega及Ensemble数据库上收集了不同物种核纤层蛋白家族相关蛋白质序列，利用ClustalX工具进行分析，并用MEGA 4?0软件绘制进化树；通过NCBI网站上BLAST工具将斑马鱼核纤层蛋白的蛋白质序列与不同物种的相对应的蛋白质序列进行对比，最后将人类、小鼠及斑马鱼的lamins基因信息，进行共线性分析。结果对核纤层蛋白相关基因进行生物信息学分析后显示斑马鱼的核纤层蛋白与人类的相似程度高，推断lmna、lmnb1和lmnb2基因在进化过程中高度保守。结论编码斑马鱼lamins的基因lmna、lmnb1和lmnb2等可能是人类LMNA、LMNB1和LMNB2等基因的直向同源物。

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作者 张衡璐 ^[1] 黄惠敏 ^[1] 叶芝旭 ^[1] 王志华 ^[2] 何志旭 ^[3] 舒莉萍 ^[4] 学术成果认领

作者单位 贵州医科大学附属医院儿科学教研室,贵阳,550004 ^[1] 贵州医科大学免疫学教研室,贵阳,550004 ^[2] 贵州医科大学附属医院儿科学教研室，贵阳 550004; 贵州医科大学组织工程与干细胞实验中心，贵阳 550004; 贵州医科大学免疫学教研室，贵阳 550004 ^[3] 贵州医科大学组织工程与干细胞实验中心，贵阳 550004; 贵州医科大学免疫学教研室，贵阳 550004; 贵州医科大学动物实验中心，贵阳 550004 ^[4]

关键词斑马鱼核纤层蛋白 lmna基因进化树共线性分析 Zebrafish Lamins lmna gene Phylogeny analysis Synteny analysis

主题词蛋白(Egg White)斑马鱼(Zebrafish)核纤层(Nuclear Lamina)基因(Genes)计算生物学(Computational Biology)

分类号 Q95-33

栏目名称

研究报告

DOI 10.3969/j.issn.1005-4847.2016.04.004

发布时间 2016-10-11

基金项目

国家自然科学基金(编号31260284)。

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2016年24卷4期

351-357页

ISTICPKUCSCDCA

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