换一批
换一批五指山小型猪PPARγ2基因启动子多态性分析
Analysis of polymorphisms in the promoter region of the PPARγ2 gene in Wuzhishan minipigs
摘要目的 对五指山小型猪PPARγ2基因启动子调控区域多态性进行分析.方法 根据猪PPARγ2启动子调控区域2200 bp设计5对引物,对57头封闭群五指山小型猪的多态性进行检测,并用多种生物信息学软件对调控区域的启动子、转录因子结合位点、RNA二级结构、CpG岛进行预测分析.结果 筛选到9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分别是:-1595T/C、-1534G/A、-1262C/A、-1220C/A、-1017A/G、-963A/G、-955G/A、-866A/G、-333G/A.SNPs都没有处在软件识别的启动子区域中,但-333G/A突变位于核心启动子(-656～-23 bp)区域.突变的SNP位点附近转录因子结合位点会发生改变,突变前后RNA二级结构最小自由能发生变化,其结构也发生显著变化.目标序列未找到CpG岛.结论 筛选到的五指山小型猪PPARγ2启动子调控区域SNPs可能对该基因的表达调控产生影响,为进一步研究其功能奠定基础.
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主题词
猪, 雏型(Swine, Miniature)基因(Genes)性(Sex)多态性, 单核苷酸(Polymorphism, Single Nucleotide)计算生物学(Computational Biology)
分类号
R?33
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1671-7856.2018.09.004
发布时间
2018-10-30
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