换一批高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络
Screen Coronary Heart Disease Blood Stasis Syndrome-related lncRNA-miRNA-mRNA Interaction Network Via High-throughput Sequencing technology
摘要目的:筛选冠心病血瘀证相关差异表达非编码RNA(lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA),信使RNA(mRNA),构建基因间调控网络,从转录组层面研究冠心病血瘀证物质基础和病理机制.方法:使用高通量测序技术,分别检测冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证和正常(各5例)lncRNA,miRNA和mRNA表达情况,通过交联分析筛选冠心病血瘀证相关的差异基因表达谱.对获得的差异基因进行功能通路分析,根据基因间Pearson相关分析和starBase靶基因预测平台,构建基因间调控网络,通过网络拓扑分析,筛选其中的关键基因.在另一匹配队列中(每组各15例)对基因调控网络中的关键节点进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证.结果:39个lncRNA,229个miRNA和221个mRNA与冠心病血瘀证密切相关.功能与通路分析结果显示,冠心病血瘀证差异表达基因主要与免疫和炎症相关.共有9个lncRNA(均为下调),31个mRNA(11个上调,20个下调)和24个miRNA(14个上调,10个下调)构成共调控网络,包括76个基因间调控关系.CTA-384D8.35,CTB-114C7.4,RP11-567M16.6和hsa-miR-3158-3p是冠心病血瘀证基因调控网络中的关键节点.Real-time PCR结果验证了上述结果.结论:冠心病血瘀证存在lncRNA-miRNA-mRNA差异表达基因谱,其与免疫和炎症密切相关;差异表达基因间存在相互调控关系,并可依此构建冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.对冠心病血瘀证的物质基础进行深度挖掘,可为从转录组层面开展中医证型相关研究提供了一定的科学基础.
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关键词
冠心病血瘀证lncRNAmiRNA高通量测序转录组学coronary heart disease (CHD) blood stasis syndromelncRNAmiRNAhigh-throughput sequencingtranscriptomics
栏目名称
DOI
10.13422/j.cnki.syfjx.2017190028
发布时间
2017-10-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81673847）
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