换一批
换一批基于GBS简化基因组技术的蕲艾遗传多样性分析
Genotyping-by-sequencing Reveals Genetic Diversity of Artemisia argyi Germplasm Resources
摘要目的:探究45份艾种质资源的遗传关系,揭示其遗传变异特点.方法:基于基因分型(GBS)的简化基因组技术对45份资源进行了单核苷酸多态性(SNP)位点挖掘,并利用SNP标记进行了主成分分析、系统发育分析、群体遗传结构分析和遗传变异分析.结果:共获得111.91 Gb数据,测序结果的Q20和Q30分别为96.39％和90.33％,平均GC含量为39.37％,clean reads与参考基因组的比对率为70.24％～98.97％,共获得22 399个Indel和170 539个SNP位点,其中第10对染色体上的变异位点最多;主成分分析、聚类分析和遗传多样性分析表明,45份资源可以被分为3个类群,类群Ⅰ包含的3份资源均来源于蕲春县,第Ⅱ类群资源均为野生种,类群Ⅲ包含31份种质,来源最为复杂;同时,这45份种质可分为3亚类,包含来源于3个祖先的遗传信息,说明不同种源的艾遗传组成比较复杂,尤其是来源于湖北省蕲春县的种质.结论:该研究可为蕲艾的新品种选育、特异性SNP标记的开发、艾的亲缘关系研究提供理论支撑.
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关键词
蕲艾基因分型(GBS)单核苷酸多态性(SNP)标记遗传多样性分析聚类分析Artemisia argyigenotyping-by-sequencing(GBS)single nucleotide polymorphism(SNP)markergenetic diversity analysiscluster analysis
栏目名称
药学基础
DOI
10.13422/j.cnki.syfjx.20240413
发布时间
2024-09-10
基金项目
中医药传承与创新“百千万”人才工程(岐黄工程)
国家自然科学基金
湖北省中医药管理局中医药科研项目
湖北省自然科学基金
现代农业产业技术体系建设专项
中央本级重大增减支项目
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