摘要为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证.结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8％,未发现其他猪病相关RNA病毒.DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5％,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0％.基于全基因组、NS1基因和VP1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群.与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6％～97.2％和38.5％～95.3％;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9％～97.9％和34.8％～98.8％;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2％～98.5％和26.9％～97.4％.与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPlaa 18～22)和HDLAY(VP1 aa 41～45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入.PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性.结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV.本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据.