2019-2023年我国PRRSV系统发育、基因重组和多样性分析
Phylogenetic,Genomic Recombination and Diversity Analysis of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus in China from 2019 to 2023
摘要为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行、核苷酸多样性和病毒重组情况,本试验对2019-2023年我国分离获得的154条PRRSV全基因组序列进行遗传进化、核苷酸多样性和基因重组分析.遗传进化分析结果显示,2019-2023年我国PRRSV流行毒株主要是基因Ⅱ型的4个谱系,分别是谱系1(Lineage 1)、谱系3(Lineage 3)、谱系5.1(Lineage 5.1)和谱系(Lineage 8.7),也有基因Ⅰ型流行毒株出现.PRRSV全基因组核苷酸多样性分析结果显示,相对其他基因,ORF1a基因存在较高遗传多样性.基因重组分析结果显示,PRRSV基因Ⅱ型的4个谱系均发生重组;我国PRRSV流行毒株重组热点基因为ORF1a和ORF1b基因,其中重组主要和次要亲本都以Lineage 1和Lineage 8.7为主.进一步分析基因Ⅱ型的不同谱系之间的重组情况,结果显示,谱系间重组频率高于谱系内重组频率,谱系内重组模式以Lineage 1为主.本试验结果提示,2019-2023年我国流行PRRSV毒株具有多样性,且基因Ⅱ型不同谱系间频发重组,表明临床上PRRSV流行情况越来越复杂,应加以重视.
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