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藏猪源2型猪链球菌全基因组序列分析

Whole-genome Sequence Analysis of Streptococcus suis Serotype 2 Isolated from Tibetan Pigs

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摘要为明确藏猪源2型猪链球菌的基因组特征和遗传演化关系,本试验利用Illumina HiSeq二代测序和Nanopore三代测序技术,对1株分离于发病藏猪肺脏的2型猪链球菌菌株LD进行全基因组测序,并采用生物信息学方法对其基因组序列进行注释和遗传演化分析.结果显示,LD菌株基因组全长为2 714 470 bp,共2 521个基因,在同源蛋白簇数据库(COG)、基因本体数据库(GO)、京都基因与基因组数据库(KEGG)、碳水化合物活性酶数据库(CAZy)和病原体-宿主互作数据库(PHI-base)中的基因占比分别为80.00%、28.00%、56.29%、2.54%和17.49%.毒力因子分析结果显示,LD菌株拥有132种毒力因子,37.87%的毒力因子作用为干扰宿主免疫系统.耐药基因分析结果显示,LD菌株主要携带4大类抗生素耐药基因,共有83个耐药基因,主要为大环内酯类.蛋白质序列分析预测LD菌株含有78个信号肽蛋白.转运蛋白分类数据库(TCDB)分析获得转运蛋白相关基因378个,运用Tmhmm软件获得跨膜蛋白相关基因569个.遗传演化分析结果显示,LD菌株与2018年我国湖北地区分离株U(GCF_002964045.1)和2019年荷兰地区分离株W(GCF_902702775.1)亲缘关系最近.本试验首次对藏猪源2型猪链球菌进行全基因组测序分析,丰富了猪链球菌的基因组数据库,可为甘孜州地区藏猪的健康养殖和疾病防控提供数据参考.