换一批基于扩增子的牛结节性皮肤病病毒全基因组Nanopore测序方法的建立
Establishment of an Amplicon-Based Nanopore Whole-Genome Sequencing Method for Lumpy Skin Disease Virus
摘要为了建立一种简便可靠的牛结节性皮肤病病毒(LSDV)全基因组测序(WGS)方法,以便及时掌握LSDV毒株流行情况.本试验根据参考文献设计并优化23对LSDV中央区域序列的扩增子引物,以及1对基因组5′和3′末端的扩增子引物,确保能够覆盖病毒全基因组序列.将PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳验证后进行Nanopore测序,使用生物信息学软件对测序数据进行组装和分析,通过二代测序验证Nanopore测序方法的准确性.为了识别4份样品所获得LSDV毒株的祖先并揭示它们之间的亲缘关系,将组装后的全基因组序列与49条代表性LSDV全基因组序列进行多序列比对,构建基于WGS的系统发育树.结果显示,本试验成功使用PCR扩增结合Nanopore测序技术建立了针对LSDV的WGS方法.该方法从4份LSDV阳性样品中获得的LSDV基因组测序覆盖度均超过96.00%,与二代测序结果一致性皆能达到99.99%.该方法在测序深度较低时仍能完成基因组组装,且在基因组的重复序列和结构变异中表现出明显优势.经全基因组系统发育分析,所获得的4株毒株序列均属于Clade 2.5.结果表明,本试验成功建立了基于扩增子的 LSDV全基因组Nanopore测序方法,该方法具有操作简便、结果可靠的优势,可为当前我国牛结节性皮肤病(LSD)防控和分子流行病学研究提供技术支持.
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关键词
牛结节性皮肤病病毒(LSDV)Nanopore测序全基因组测序(WGS)遗传进化分析lumpy skin disease virus(LSDV)Nanopore sequencingwhole genome sequencing(WGS)genetic evolution analysis
分类号
S852.65+9.1
栏目名称
DOI
10.20157/j.cnki.zgsyzz.2025.sf.009
发布时间
2026-04-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点研发计划（2020YFD1800500）
中国动物卫生与流行病学中心创新基金项目（DW2022001）
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