加权基因共表达网络分析筛选早发2型糖尿病相关代谢物的初步研究
Preliminary study of weighted gene co-expression network analysis for screening metabolites associated with early-onset type 2 diabetes mellitus
摘要目的 利用加权基因共表达网络(WGCNA)分析筛选早发2 型糖尿病(EOD)关键代谢物.方法 选取 2024 年 4 月至 2024 年 9 月于郑州大学附属洛阳中心医院内分泌科住院治疗的EOD患者24例,分为BMI 18.5~23.9 kg/m2的正常(NORM)组,BMI 24.0~27.9 kg/m2的超重(OW)组及BMI≥28.0 kg/m2的肥胖(OB)组,每组8例.比较各组一般资料及生化指标,取各组血清及粪便样本进行代谢组学分析,利用WGCNA构建基因共表达网络,筛选代谢物中重要模块,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析核心代谢物,比较核心代谢物组间变量重要性投影值(VIP)和倍数变化值(FC).结果 NORM、OW、OB组BMI、WC、臀围、血尿酸、TC、2 hC-P依次升高(P<0.05).OW、OB组腰高比高于NORM组(P<0.05),25 羟维生素D3、2 hPG低于NORM组(P<0.05).OW组HbA1c、FPG、同型半胱氨酸(Hcy)、TG、LDL-C高于NORM组(P<0.05),血肌酐(Scr)、HDL-C低于NORM组(P<0.05).OB组WHR高于NORM、OW组(P<0.05),HbA1c、TG低于OW组(P<0.05),Scr、HDL-C高于OW组(P<0.05).OPLS-DA分析显示,各组分间区分明显,数据整体呈现良好的重复性.Pearson相关分析筛选得到7 个模块,分别为darkred、yellowgreen、skyblue、cyan、royalblue、darkmagenta、steelblue,各包含55、33、48、1162、90、38、46个代谢物(P<0.05).筛选WGCNA网络中排名前 10 的核心代谢物进行 KEGG 功能注释,结果显示,all-trans-4-oxoretinoic acid 被注释到 Retinol metabolism通路,Thymidine 被注释到Pyrimidine metabolism通路,2-Methyl-1-hydroxybutyl-ThPP被注释到Valine、leucine and isoleucine degradation 通路,all-trans-4-oxoretinoic acid 位于darkred 模块,Hcy 与darkred 模块呈负相关,2-Methyl-1-hydroxybutyl-ThPP、Thymidine 均位于skyblue 模块,Hcy与skyblue模块呈正相关.OW组 2-Methyl-1-hydroxybutyl-ThPP、Thymidine表达较OB、NORM组显著(VIP>1,FC>1).结论 代谢物2-Methyl-1-hydroxybutyl-ThPP、Thymidine与EOD的发生发展相关,可能导致Hcy升高.
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