基于生物学信息分析2型糖尿病与肌少症的关系
Analysis of the Relationship Between Type 2 Diabetes Mellitus and Sarcopenia Based on Biological Information
摘要目的 基于生物信息学探讨 2 型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)与肌少症的关系.方法 于2022年12月—2023年12月比较毒理数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)、DisGeNET(2020年4月V7.0版)、GeneCards、孟德尔人类遗传数据库(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、药物靶标数据库(therapeutic target database,TTD)5 大公用数据库,挖掘并筛选T2DM与肌少症的相关基,通过Venny2.1.0网站获取共同靶点基因,基于STRING网站构建蛋白质与蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络图并获取核心靶点,利用RStudio软件进行基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析.结果 从数据库中分别筛选出T2DM、肌少症及二者共同基因 1 800 个、1 280个、170 个.GO分析结果主要涉及对肽类、细胞外刺激、营养水平反应、肌节、肌原纤维、收缩纤维、信号受体激活剂的活性、激素及细胞因子活性等;KEGG富集通路主要涉及长寿调节通路、叉头框转录因子(forkhead box transcription factor,FoxO)信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(advanced glycosylation end products-receptor of advanced glycosylation end products,AGE-RAGE)信号通路、胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)、缺氧诱导因子 1(hypoxia-inducible factor 1,HIF-1)信号通路、脂肪细胞因子信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinases,PI3K)/丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threonine kinase,AKT)信号通路、腺苷单磷酸活化蛋白激酶(activated protein kinase,AMPK)信号通路等.结论 T2DM与肌少症均为全身代谢性疾病,二者具有许多重合基因集通路,所筛选出的靶点基因及相关信号通路可为后续T2DM与肌少症的研究提供理论基础.
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