换一批虚拟实验室技术评价recA标准序列比对法对洋葱伯克霍尔德菌复合体种别鉴定效果
The evaluation of ARRS on Bcc species identification effect by virtual laboratory technology
摘要目的 利用虚拟实验室技术评价recA标准序列比对(ARRS)法,对洋葱伯克霍尔德菌复合体(Bcc)种别鉴定效果.方法 通过对GenBank、MLST数据库等公共数据库内相关信息进行核实和分析,筛选出在GenBank、MLST 2个数据库中均存在详实的recA基因及MLST分型信息的Bcc菌株作为目标菌株.根据目标菌株的recA基因序列信息,采用ARRS法对其进行鉴定.鉴定结果与MSLT数据库中该菌株分型鉴定结果进行比较.以MSLT法作为Bcc菌株鉴定的标准方法,计算ARRS法的灵敏度、特异度等相关统计学指标,评估其对Bcc菌株种别鉴定的效果.结果 ARRS法和MSLT法对93株目标菌株的鉴定结果显示,92株鉴定结果一致.相对于MSLT法,ARRS法灵敏度为98.9％,特异度为100.0％;2种方法一致性为98.9％ (P ＜0.01).结论 ARRS法对于鉴定Bcc内菌株具有较好的效果,可以满足临床筛检、医院感染流行病学调查等需求.
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关键词
虚拟实验室洋葱伯克霍尔德菌复合体recA标准序列比对法MSLT法Virtual laboratoryBurkholderia cepacia complexAlignment of recA reference sequenceMLST method
医学主题词
实验室(Laboratories)序列比对(Sequence Alignment)洋葱伯克氏菌(Burkholderia cenocepacia)复合体(Compomers)方法(Methods)
分类号
R446.1（诊断学）
栏目名称
发布时间
2015-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
浙江省重点科技创新团队项目（2011R50021）
杭州市医学重点专科专病建设项目（2013073Q32）
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