换一批潜在类别因子模型在基于通路的稀有变异遗传关联研究中的应用
The Application of Latent Class Factor Model in Genetic Association Studies of Rare Variants Based on Pathways
摘要目的 研究潜在类别因子模型(latent class factor model,LCFM)在基于通路的稀有变异遗传关联研究中的应用,并和潜在类别模型(latent class model,LCM)进行比较.方法 选取遗传分析工作组17(genetic analysis workshop 17, GAW17)中的VEGF通路变异数据及其200次模拟表型数据进行分析.将通路下基因中的稀有变异集合为一个新变量,和常见变异一起拟合LCM和LCFM,再调整年龄、性别和吸烟状态后分别拟合潜在类别及潜在类别因子对模拟表型Q1或Q4的线性回归模型(200次),并分别计算两种方法的统计效能和I类错误.结果LCM将通路作为整体,统计效能为1.000,I类错误为0.030.LCFM将通路中的8个基因构造成三个因子,因子1和因子2含强效应基因,因子3含弱效应基因,其统计效能分别为0.980,1.000,0.595;I类错误分别为0.045,0.040,0.070.结论LCFM比LCM更适宜分析通路数据.LCFM不仅能对通路中多基因信息降维,且能够根据后验概率从多个维度对人群分类,而且能估计因子载荷以反映基因间的关联强弱,为进一步的生物学机制研究提供线索.
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关键词
潜在类别因子模型基于通路分析稀有变异遗传关联研究Latent class factor modelPathway-based analysisRare variantsGenetic association study
栏目名称
发布时间
2018-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广东省自然基金项目（2016A030313809）
广东省科技厅公益能力（2014A020212307）
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