换一批基于cis-SNP的多位点关联性分析方法比较及其在基因表达中的应用
Comparison of Statistical Methods for Multiple Genetic Variants Based on cis-SNPs and their Applications in Gene Expression Data
摘要目的 比较不同SNP集合方法检验常见变异和罕见变异与基因表达的关联,期望找到高效和稳健的统计方法.方法 对比Burden、SKAT、SKAT-O、MiST、ReLRT和GGRF等方法,通过GEUVADIS数据基因型和基因表达数据建立模拟研究,比较不同方法的一类错误率、统计效能及运算时间.基于常见和罕见cis-SNP,进一步通过GEUVADIS数据比较各种方法鉴别表达基因的能力.结果 模拟显示各种方法在不同变异位点个数下均能很好控制第一类错误,其中ReLRT和MiST的统计效能最高,MiST运算时间最短.在GEUVADIS数据分析中,ReLRT找到的表达基因最多.结论 各种检验方法基本都能有效控制第一类错误.模拟和实例数据显示ReLRT具有更高的检验效能,但计算速度较慢.
更多相关知识
医学主题词
方法(Methods)基因表达(Gene Expression)性(Sex)全基因组关联研究(Genome-Wide Association Study)遗传变异(Genetic Variation)
栏目名称
发布时间
2018-11-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81402765）
国家统计局全国统计科学研究项目（2014LY112）
教育部人文社会科学研究项目（18YJC910002）
:江苏省自然科学基金
:江苏省高等学校"青蓝工程"优秀青年骨干教师资助项目
中国博士后科学基金（2018M630607）
:中国博士后科学基金
- 浏览53
- 被引3
- 下载14
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
