换一批社区获得性ST59型MRSA HZW450的全基因组测序及分析
Genomic analysis of community acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus HZW450
摘要目的 对1例脓疱疮患者脓液中分离的1株社区获得性耐甲氧两林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)HZW450菌株进行全基因组测序并对序列信息解析.方法 使用三代测序PacBio技术对HZW450菌株进行全基因组测序,且使用SMRTanalysis v.R2.3.0对该序列进行序列拼接,上传NCBI进行基因功能注释,用RPSBLAST program进行直系同源簇(COG)注释以及毒力因子相关基因和耐药基因分析.同时比较国内其他地区发现的同一序列型(ST)的菌株毒力因子相关基因及耐药相关基因的差异,并比较HZW450菌株耐药基因型与表型的一致性.结果 HZW450菌株的基因组大小为2 831 958 bp,GC占比32.9％,其基因组完成图序列已提交至NCBI GenBank数据库,登录号为CP020741.同时经过分析发现该菌株为ST59型,其基因组中含有许多与致病相关的毒力因子,以及含有耐药基因aph(3’)-Ⅲ、ant (6)-Ia、mecA、norA、erm (B)和cat (pC233),毒力及耐药基因与ST59型其他菌株比较有差异.该菌株临床药敏结果与耐药基因比较分析发现,耐药表型与基因型存在差异.结论 本研究报道了1株CA-MRSA (HZW450)菌株的全基因组序列.基因序列分析显示该菌株携带大量毒力基因,包括lukS-PV、lukF-PV、eta、fnbA、fnbB、sspB、sspC等,编码毒素、粘附、免疫逃逸等相关毒力因子,其毒力较强,致病性较高.
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关键词
社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌全基因组分析ST59毒力基因药敏试验耐药基因型Community acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureusWhole genome analysisST59Virulence geneAssociation antimicrobial susceptibility testAntibiotic resistance genotype
栏目名称
DOI
10.13381/j.cnki.cjm.201712008
发布时间
2018-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81330011）
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