换一批结肠癌Caco-2细胞株与患者药靶蛋白表达的一致性研究
Consistency of the Drug-target Proteins Profile in Human Tumor Tissues and Cell Lines of Colorectal Carcinoma Based on the Human Protein Database
摘要目的 对结肠癌细胞株与患者组织间的药物靶点蛋白表达进行一致性研究,以明确两者的相符性.方法 检索Human Protein Atlas数据库中FDA批准的药物靶点蛋白,并对兼有患者结肠癌组织和细胞株数据的蛋白进行表达评分.通过计算蛋白在细胞株与患者间表达的一致率,总体评价两者蛋白表达的相符情况,继而采用生物信息学方法进行蛋白生物学功能和信号通路注释,评价个体患者与细胞株间蛋白表达的差异性.结果 共检索得兼有细胞株(均为Caco-2细胞)和患者表达数据的药物靶点蛋白176个.患者与细胞株表达一致的蛋白比率为57.4％,与患者年龄、性别、肿瘤部位等均无相关性.两者间表达一致性较高或较低的蛋白数分别为69和82,其中47和36个蛋白表达完全一致或完全不一致.不一致蛋白在恶性肿瘤相关通路、免疫相关通路、胞外基质受体相互作用、细胞骨架与形态相关通路的富集更为显著.结论 药物靶点蛋白在Caco-2细胞株与患者结肠癌组织间的表达存在一定的差异性,提示考察细胞株与患者间靶蛋白表达的一致性具有重要意义.
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关键词
结肠癌Caco-2细胞Human Protein Atlas数据库药物靶点蛋白一致性研究colorectalCaco-2 cell linedatabase of Human Protein Atlasdrug-target proteinsconsistency
分类号
R966（药理学）
栏目名称
DOI
10.13748/j.cnki.issn1007-7693.2017.09.003
发布时间
2017-11-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
浙江省自然科学基金（LQ17H300001）
浙江省自然科学基金（LY16H160038）
浙江省医药卫生科技计划（2015ZDA006）
浙江省中医药科技计划（2015ZA036）
人才培养项目
浙江省151人才工程第二层次培养项目
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