摘要目的 分析儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)分子生物学特点,初步探索转录组测序(RNA-seq)技术在儿童ALL精准化治疗中的应用价值.方法 回顾性分析 216 例初诊为ALL儿童的临床资料,所有患儿均经骨髓细胞形态学、流式免疫分型、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、荧光原位杂交(FISH)、染色体核型分析及RNA-seq检测确诊,采用多药联合化疗方案进行治疗,并进行随访.分析患儿基本信息、融合基因结果、基因突变情况;比较不同融合基因患儿的年龄、免疫分型、初诊WBC及不同融合基因治疗方案的微小残留病(MRD)缓解率.结果 216例初诊ALL患儿中男性122例,女性94例,中位年龄4.8岁,其中132例(61.1%)患儿经RNA-seq检测出融合基因,共检测到73种融合基因.不同初诊年龄患儿的性别、初诊血常规、免疫分型比较无统计学差异(P>0.05).RT-PCR、RNA-seq检测 43 种白血病融合基因结果的阳性率分别为 35.65%(77/216)、37.96%(82/216),比较无统计学差异(χ2=0.249,P=0.618>0.05).FISH、RNA-seq检测 3 种基因重排结果的阳性率分别为 30.09%(65/216)、31.02%(67/216),比较无统计学差异(χ2=0.044,P=0.835>0.05).将患儿在 2 例及以上的融合基因进行统计分析,在初诊ALL患儿年龄方面,绝大多数(93.7%)ETV6-RUNX1 阳性患儿位于<10 岁年龄段,6 例(54.5%)BCR-ABL1、3 例(100.0%)SIL-TAL1、2 例(100.0%)GPBP1-GAPDH阳性患儿处于≥10 岁年龄段.在免疫分型方面,48 例(100.0%)ETV6-RUNX1 阳性患儿全部表达B淋系抗原,3 例(100.0%)SIL-TAL1阳性患儿全部表达T淋系抗原,2 例(66.7%)MLLT10 重排阳性患儿表达T淋系抗原,6 例(66.7%)MTAP重排阳性患儿表达B淋系抗原,2 例(100.0%)HOXA13 重排阳性患儿全部表达T淋系抗原.在初诊WBC方面,TCF3-PBX1 阳性患儿初诊时更倾向于高白细胞计数(WBC)(≥50×109/L).初诊年龄<10 岁及≥10岁的ETV6-RUNX1、BCR-ABL1、SIL-TAL1、GPBP1-GAPDH阳性患儿比较,有显著差异(P<0.05);急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)及急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)的ETV6-RUNX1、SIL-TAL1、MLLT10 重排、MTAP重排、HOXA13 重排阳性患儿比较,有显著差异(P<0.05);初诊WBC<50×109/L及WBC≥50×109/L的TCF3-PBX1阳性患儿比较,有显著差异(P<0.05).202例采用CCCG-ALL2015/2020方案化疗的患儿进行化疗第 19 天评估点(D19)及化疗第 46 天骨穿评估点(D46)骨穿评估(注:3 例诱导缓解疗程中死亡患儿未在规定时间点行骨穿评估),D19 MRD缓解率<0.01%为 57.4%(116/202),D46 为94.5%(191/202).不同融合基因治疗D19 的MRD缓解率<0.01%比较无统计学差异(P>0.05).ph-like重排阳性患儿治疗D46 的MRD缓解率≥0.01%为 33.33%,低于MRD缓解率<0.01%的 66.67%,有显著差异(P<0.05).7 例采用CCLG-ALL2108 方案化疗的患儿进行化疗第 15 天评估点(D15)及化疗第 33 天骨穿评估点(D33)骨穿评估,SIL-TAL1、HOXA1 重排、MTAP重排阳性患儿的MRD缓解率均无统计学差异(P>0.05).但值得注意的是,1 例存在CDK6-HOXA13 融合,D15 MRD转阴后在D33 评估时MRD很快转阳,另外 1 例存在MSI2-HOXA13 基因的患儿D15、D33MRD均未转阴,但提示HOXA13 重排阳性患儿诱导缓解反应疗效可能较差,需加强化疗.通过RNA-seq在 120 例患儿中检测到白血病相关基因突变,阳性率为 55.6%(120/216).其中变频率最高的前 11 位基因突变为:KRAS(10.6%,n=23)、NRAS(10.6%,n=23)、FLT3(8.7%,n=19)、NOTCH1(6.4%,n=14)、RUNX1(4.2%,n=9)、TP53(3.7%,n=8)、CREBBP(2.8%,n=6)、IKZF1(2.8%,n=6)、PTPN11(2.8%,n=6)、ATG2B(2.3%,n=5)、ETV6(2.3%,n=5).B-ALL中突变频率最高的 3 位基因突变为:KRAS(10.2%,n=22)、NRAS(10.2%,n=22)、FLT3(8.7%,n=19);T-ALL中突变频率最高的 3 位基因突变为:NOTCH1(6.4%,n=14)、JAK3(1.4%,n=3)、ETV6(2.3%,n=5).结论 ALL患儿进行RNA-seq检测,较传统的检测方法可以更大范围地发现白血病融合基因,为ALL精准化治疗提供了实验室依据,也为进一步研究ALL的发病机理及危险度分层、预后评估、治疗靶点提供了新的研究方向.