换一批基于共表达模式的钙化性主动脉瓣疾病基因调控网络构建方法研究
Establishment of a Calcified Aortic Valve Disease-related Gene Regulatory Network by Gene Co-expression Networks Analysis
摘要目的:建立钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)相关基因调控网络,揭示基因之间的相互作用对CAVD的影响.方法:本研究提出一种基于共表达模式的启发式基因调控网络构建方法,以阐明CAVD相关基因之间的相互作用.首先,采用差异表达基因方法筛选基因,并采用STRING软件对筛选的基因构建蛋白质相互作用网络,获取得分最高的网络及基因;同时,采用蒙特卡洛方法对基因的重要性进行排序,获取排名前 1%的基因;取交集获得关键基因.采用生物学验证方法确定关键基因与CAVD相关.然后,用基于共表达关联的方法检测看似不相关但实际受第三个基因表达水平影响的具有潜在共表达模式的基因三联体,再通过桥基因将基因三联体拼接成基因调控网络.最后,通过富集分析和文献分析,对所建立的基因调控网络进行功能验证.结果:从 18 084 个基因中建立了一个包含 211 个基因的CAVD基因调控网络.功能富集分析表明,该基因调控网络包含了许多CAVD相关基因之间的新相互作用,为未来研究筛选了有潜力的候选基因.结论:本研究提出的方法通过可用的生物学先验信息解决了复杂的计算问题,并可以检测潜在的共表达模式.该研究将促进对CAVD相关基因相互作用的理解,为识别潜在的基因共表达模式提供了一种新方法.
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关键词
钙化性主动脉瓣疾病基因调节模块液体关联富集分析calcified aortic valve diseasegene regulatory moduleliquid associationenrichment analysis
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1000-3614.2025.05.007
发布时间
2025-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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