换一批lncRNA在乙脑病毒感染PK15细胞过程中的作用研究
Study on the Role of lncRNA in the Process of Japanese Encephalitis Virus Infecting PK15 Cells
摘要本研究旨在初步探索乙脑病毒(JEV)感染PK15细胞后的增殖情况,筛选与病毒感染相关的lncRNA,并对其进行亚细胞定位及靶基因预测.通过免疫荧光试验来检测病毒结构蛋白E的表达情况,采用TCID50法检测PK15细胞中病毒的增殖情况,利用实时荧光定量PCR检测病毒感染后lncRNA的表达水平,在NONCODE数据库对lncRNA进行亚细胞定位,通过starBase、NONCODE、KEGG等数据库对其进行靶基因预测和信号通路分析.结果 显示,JEV感染PK15细胞后,24～36 h为病毒滴度指数增长期,感染后36 h病毒滴度已达10-5.75 TCID50/mL.PK15细胞在感染JEV 12 h后,lncRNA A、B、C表达水平均无显著变化(P＞0.05),lncRNA D表达水平极显著下降(P＜0.01);感染JEV 24、36和48 h后lncRNA A、B、C表达水平极显著上升(P＜0.01),lncRNA D表达水平极显著下降(P＜0.01).lncRNA A主要定位在胞质溶胶,lncRNA B在细胞核和细胞质中均有分布,lncRNA C主要定位在细胞质中,在细胞核中也有可能分布,lncRNA D可能在细胞内呈现广泛性分布.通过靶基因预测和信号通路分析,lncRNA A、B、C的靶基因主要为OA S1、OA S2、OA SL、COX1等,lncRNA D的靶基因主要为DST、ND1、ND2、ND4等.信号通路分析发现lncRNA可能通过肿瘤坏死因子(TNF)、NF-κB和Toll样受体(TLR)等信号通路参与病毒感染后的增殖过程.本研究为进一步探索宿主细胞lncRNA对病毒增殖的影响奠定一定的基础.
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