换一批
换一批猪戊型肝炎病毒ORF3蛋白影响HepG2细胞核黄素代谢的lncRNA-mRNA调控网络的鉴定
Identification of lncRNA-mRNA Regulatory Network of Riboflavin Metabolism in HepG2 Cells Affected by Swine Hepatitis E Virus ORF3 Protein
摘要为初步鉴定并挖掘出猪戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV) ORF3蛋白影响HepG2细胞核黄素代谢信号通路的lncRNA-mRNA调控网络,本试验通过构建腺病毒过表达载体,制备高滴度过表达腺病毒,介导猪HEV-ORF3在HepG2细胞中实现过表达.Western blotting检测ORF3蛋白过表达成功后,运用lncRNA高通量组学测序,筛选出差异表达的lncRNA并进行靶向差异基因预测,对lncRNA靶向差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,初步鉴定出与核黄素代谢信号通路相关的lncRNA-mRNA调控网络.Western blotting结果显示,在约为12 ku处出现目的 条带,说明成功实现腺病毒介导猪HEV-ORF3在HepG2细胞中过表达.lncRNA高通量组学测序结果显示,共发现102个显著差异表达lncRNAs表达量上调,80个显著差异表达lncRNAs表达量下调.GO功能和KEGG通路富集分析显示,初步挖掘出lncRNA(MSTRG.13995.2)和lncRNA(MSTRG.1960.1)可能是与核黄素代谢信号通路相关的显著差异表达lncRNA,分别通过顺式调控其靶向基因APC-5和FLAD1来影响核黄素代谢信号通路.本试验初步鉴定出lncRNA(MSTRG.13995.2)-APC5和lncRNA(MSTRG.1960.1)-FLAD1可能是影响HepG2细胞核黄素代谢信号通路的lncRNA-mRNA调控网络.
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分类号
S852.65+1
栏目名称
DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2021.12.030
发布时间
2022-01-12
基金项目
重庆市基础研究与前沿探索项目（cstc2018jcyjA0807）；
重庆市自然科学基金（cstc2020jcyj-msxmX0446）；
中央高校基本科研业务费项目（XDJK2020C022）；
中央高校基本科研业务费项目（XDJK2019C024）；
国家自然科学基金（31802215）
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