换一批3种猪冠状病毒N基因密码子偏好性及宿主适应机制研究
Study on Codon Usage Bias of N gene of Three Porcine Coronaviruses and Their Host Adaptive Mechanism
摘要[目的]研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪丁型冠状病毒(PDCoV)的N基因密码子偏好性差异及其影响因素.[方法]从GenBank数据库中下载上述3种猪冠状病毒(PoCoV)的全基因组序列,通过EMBOSS explorer、CALcal、DAMBE及CodonW等网站及软件计算有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)等参数并进行ENC绘图、奇偶偏好性和中性绘图分析等.[结果]3种猪冠状病毒的N基因序列的 ENC 分布在 48.99～54.96,其中 PEDV、TGEV 和 PDCoV 的 ENC 分别为 53.74±0.61、50.09±0.88 和0.72±0.65;RSCU分析显示,3种猪冠状病毒N基因偏好的密码子各不相同,但一般都偏好以U结尾;ENC绘图分析显示,3种猪冠状病毒的N基因数值点均位于标准曲线下方位置;奇偶偏好性分析显示全部散点位于y=0.5以下,且矢量向左下侧偏倚;中性绘图分析显示,3种病毒N基因绘图分析中回归曲线的斜率均接近0.3种猪冠状病毒的S和N基因在牛、猪、犬、人、鸡中的CAI值逐渐增高,RCDI值逐渐降低并接近于1.[结论]PEDV、TGEV、PDCoV的N基因密码子偏好性存在差异且密码子偏好性均较弱,3种猪冠状病毒的N基因表现为"CpG二核苷酸缺失";自然选择作用是这3种猪冠状病毒N基因密码子偏好性形成的主要进化压力;人、猪、鸡3种宿主均适合3种猪冠状病毒的N基因表达,且PDCoV的S和N基因均更适合在鸡中表达.
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分类号
S852.65+9.6
栏目名称
DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.06.025
发布时间
2023-07-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广东省科技计划（P20211154-0302）
广东省自然科学基金项目（2021A1515011072）
广东省农业科学院项目（202131TD）
广东省现代农业产业技术体系专项（2019KJ119）
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