换一批全基因组关联分析与转录组学联合分析静原鸡蛋壳颜色的调控机制
Genome-wide Association Study and Transcriptomics Combined to Analyze the Regulatory Mechanisms of Eggshell Color in Jingyuan Chickens
摘要[目的]利用全基因组关联分析与转录组学联合分析筛选调控静原鸡蛋壳颜色的候选基因,探究静原鸡蛋壳颜色调控机制.[方法]选择180日龄产绿壳蛋和产粉壳蛋静原鸡母鸡各50只,采集血液并进行简化基因组测序,通过全基因组关联分析筛选候选基因;采集300日龄产绿壳蛋和产粉壳蛋母鸡的蛋壳腺组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能与KEGG通路富集分析;通过全基因组和转录组学联合分析,筛选调控蛋壳颜色相关基因并进行蛋白互作网络分析.[结果]简化基因组测序结果显示,从产粉壳蛋和产绿壳蛋静原鸡中分别筛选到232 465和241 008个SNPs标记,利用全基因组关联分析共筛选出溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1A2(SLCO1A2)、SLCO1C1和磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型γ(PIK3C2G)等54个与蛋壳颜色相关的候选基因.转录组测序筛选到277个差异表达基因,其中85个上调,192个下调.GO功能和KEGG通路富集分析发现,差异表达基因主要在亚油酸新陈代谢、亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢、黑色素生成、黏着斑以及钙信号等相关通路中显著富集.全基因组和转录组学联合分析鉴定到内皮素3(EDN3)和锌指蛋白831(ZNF831)2个与蛋壳颜色显著相关的基因.[结论]通过全基因组关联分析与转录组学联合分析发现EDN3、ZNF831基因可能是调控蛋壳颜色的候选基因.研究结果为蛋壳颜色调控机制研究提供理论基础,为静原鸡蛋壳颜色选育提供分子遗传标记.
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关键词
静原鸡蛋壳颜色全基因组关联分析转录组测序Jingyuan chickenseggshell colorgenome-wide association studytranscriptome sequencing
分类号
S831.2
栏目名称
DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.11.009
发布时间
2023-11-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
彭阳县科技研发项目（2022PKJ0028）
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