换一批辽宁沈阳株猫泛白细胞减少症病毒VP2基因扩增及生物信息学分析
Amplification and Bioinformatics Analysis of VP2 Gene of a Liaoning Shenyang Strain of Feline Panleukopenia Virus
摘要[目的]通过生物信息学方法分析1株2022年辽宁沈阳地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus,FPV)LN3株VP2蛋白的分子特征.[方法]利用FPV胶体金试纸条对临床上表现呕吐、腹泻等症状的患病猫粪便进行检测,提取该病猫粪便的病毒DNA进行FPV VP2基因PCR扩增及测序,使用Seqman软件对序列进行拼接.将所获序列与NCBI数据库中FPV和犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的VP2基因进行相似性比对及遗传进化分析.使用生物信息学软件对该毒株VP2蛋白进行预测,包括理化性质、亲/疏水性、跨膜区、糖基化位点、亚细胞定位、二级结构、三级结构等.[结果]FPV LN3株VP2基因全长1 755 bp,编码584个氨基酸;与GenBank上登录的15株FPV同属一个大分支,相似性为98.9％～99.7％;与CPV处于不同分支上.生物信息学软件预测显示,FPV LN3株VP2蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;含有7个潜在N-糖基化位点、86个O-糖基化位点和50个磷酸化位点;VP2蛋白在细胞质、细胞核、线粒体中的可能性分别为43.5％、34.8％和21.7％;VP2蛋白二级结构中无规则卷曲、a-螺旋、延伸链、β-转角分别占61.82％、8.90％、24.32％及4.97％,三级结构预测结果与其一致;VP2蛋白共有20个抗原表位.[结论]VP2是FPV遗传变异的关键基因,FPV LN3株VP2蛋白属于亲水性、非跨膜稳定蛋白,共存在20个抗原表位.试验结果为进一步研究FPV VP2蛋白功能及研发新型疫苗提供理论依据.
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分类号
S852.65+9.2
栏目名称
DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2024.01.003
发布时间
2024-02-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
辽宁省自然科学基金（2021-YKLH-11）
辽宁农业职业技术学院院级科研项目（Lnz50）
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