摘要[目的]试验旨在研究胚胎期miRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)在北京鸭胸肌发育中的调控作用,以期为了解北京鸭胸肌发育规律奠定基础.[方法]收集E13和E27两个阶段的北京鸭胚胎胸肌,利用甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序(MeRIP-Seq)和小RNA高通量测序(miRNA-Seq)来鉴定在北京鸭胚胎胸肌细胞分化过程中可能存在的受m6 A调控的相关差异基因,再联合miRNA及其靶基因分析其功能.[结果]miRNA-Seq结果显示,差异显著miRNAs有181个,通过靶基因预测到11 176个靶标,包括m6A相关基因以及肌肉发育相关基因.MeRIP-Seq在E13和E27组分别检测到14 344和14 016个m6 A峰,分别映射到8 248和7 763个已知基因.E13与 E27 时期 m6 A 共 3 240 个,映射到 2 767 个差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs).DMGs 的GO和KEGG分析显示,DMGs主要富集于肌肉发育、脂肪沉积相关通路,同时也富集到很多和肌肉发育相关的基因,如 MTPN、MYF6 和 MYF5.miRNA-Seq 检测到 5 556 个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),GO和KEGG通路分析结果表明,这些DEGs在Wnt信号通路、代谢途径、脂肪酸显著富集,提示DEGs可能参与了脂肪细胞分化和脂肪代谢过程.miRNA-Seq和m6A-Seq关联分析显示,共检测到1 517个差异甲基化和表达相关基因(differential expression and methylation genes,DEMGs),对这些 DEMGs 的 GO 和 KEGG 分析显示,DEMGs主要富集在肌肉发育相关通路中.[结论]m6A甲基化修饰和miRNA对北京鸭骨骼肌发育和脂肪沉积有重要影响.