摘要[目的]探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记.[方法]试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采用直接测序法筛选柯乐猪MMP2基因SNP位点,利用RNAfold在线软件预测MMP2基因不同单倍型mRNA二级结构,并通过SPSS 22.0软件分析MMP2基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性.[结果]在柯乐猪MMP2基因第2外显子中检测到1个SNP位点(g.30062403 C＞T),在第4外显子中检测到2个SNPs位点(g.30065309 C＞T和g.30065312 C＞T),均存在3种基因型(CC、CT和CT).遗传特性分析结果显示,g.30062403 C＞T位点为低度多态,g.30065309 C＞T和g.30065312 C＞T位点属于中度多态.卡方适合性检验结果显示,g.30062403 C＞T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05),另2个位点均符合Hardy-Weinberg 平衡(P＞0.05).连锁不平衡分析结果显示,g.30065309 C＞T和g.30065312 C＞T位点之间存在强连锁不平衡.单倍型mRNA二级结构分析显示,单倍型H1的mRNA二级结构与原序列相同,其他3种单倍型均导致mRNA二级结构和最小自由能发生变化.关联分析结果显示,g.30062403 C＞T位点TT基因型个体的窝产活仔数显著高于CC基因型,断奶窝重显著高于CT基因型(P＜0.05);g.30065309 C＞T位点CC基因型个体的断奶仔数显著高于TT基因型(P＜0.05);g.30065312 C＞T位点TT基因型个体的窝产活仔数、断奶仔数均显著高于CT基因型(P＜0.05).双倍型H2H2为窝产仔数、窝产活仔数、断奶仔数、断奶窝重的优势双倍型,H1H4为初生窝重的优势双倍型.[结论]柯乐猪MMP2基因3个SNPs位点与其窝产仔数、窝产活仔数、初生窝重、断奶仔数及断奶窝重均存在显著关联性,可作为分子育种遗传标记.