柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析
Polymorphisms of KRT10 Gene and Its Association Analysis with Reproductive Traits in Kele Pigs
摘要[目的]研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力.[方法]以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性.[结果]在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第 4 内含子的 g.21643703 C>T 和 g.21643714 G>A;第 5 外显子的 g.21643741 G>A.g.21643741 G>A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变.3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C>T和g.21643741 G>A属于中度多态位点(0.25<PIC<0.5),g.21643714 G>A 属于低度多态位点(PIC<0.25).g.21643703 C>T 和 g.21643741 G>A 位点均处于 Hardy-Weinberg 平衡状态(P>0.05),g.21643714 G>A 位点显著偏离 Hardy-Weinberg 平衡状态(P<0.05);3个SNPs位点间均不存在强连锁不平衡.KRT10基因3个SNPs位点共产生4种单倍型和10种双倍型.关联分析结果表明,g.21643703 C>T位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643714 G>A位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643741 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05).双倍型H3H3对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显.[结论]KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记.
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