喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育分析

Genetic Diversity and Phylogenetic Analysis of Goat Population in Karakoram-Pamir Region

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摘要[目的]明确喀喇昆仑-帕米尔地区山羊群体遗传多样性及系统发育情况,为山羊种质资源保存、发掘和利用提供理论依据.[方法]以分布于喀喇昆仑-帕米尔地区的山羊为研究对象,对其线粒体(mtDNA)非编码序列置换环(D-loop)区和细胞色素b(Cytb)基因序列进行PCR扩增并测序.利用Mega 7.0.26软件分析碱基组成,结合从GenBank中下载的山羊mtDNA D-loop区序列和Cytb基因序列绘制系统发育树,使用DNASP 5.10软件统计单倍型分布并进行中性检验,通过Network 10.2软件构建单倍型中介网络图.[结果]喀喇昆仑-帕米尔地区山羊mtDNA D-loop区序列和Cytb基因序列AT含量分别为60.1％和58.7％,AT含量均高于GC含量,具有碱基组成偏好性.D-loop区序列和Cytb基因分别存在163和84个SNPs位点,分别定义40、30种单倍型,单倍型多样性(Hd)分别为0.985和0.883,核苷酸多样性(Pi)分别为0.01570和0.00425.mtDNA D-loop区和Cytb基因的中性检验Tajima's D值和Fu's Fs值均＜0,显著偏离中性,核苷酸错配分布图呈现3个峰.系统发育树分析表明喀喇昆仑-帕米尔地区山羊包含4个支系,分别为A、B、C、G.[结论]喀喇昆仑-帕米尔地区山羊至少经历过3次群体扩张事件,遗传多样性丰富,西亚地区的山羊对其存在基因渗入,同域的北山羊对其没有遗传贡献.