摘要[目的]探究云上黑山羊主配公羊的亲缘关系及近交系数,构建肉羊高效联合育种体系,提升云上黑山羊生产性能和可持续发展力.[方法]采用简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术对云上黑山羊5个核心育种场(XD、ZY、ML、SB、TJ)的100只主配公羊进行测序,并使用BWA、SAMTOOLS、PLINK v 1.90、Gmatrix v 2、Mega X等软件进行质控后高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点鉴定、主成分分析(PCA)、状态同源距离矩阵(identical by state,IBS)和G矩阵构建、群体进化树分析、亲缘系数计算及近交系数估计.[结果]GBS质控后共获得215 926个高质量SNPs位点;共检测到8 692条连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),长度在10.59～591.23 Mb之间,平均长度245.74 Mb.云上黑山羊主配公羊群体平均IBS遗传距离为0.118±0.011,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致.结合群体进化树和亲缘关系分析,100只云上黑山羊被分为三大支和28个家系,其中家系2、11、13、14、16、17、18、20、23、24、25仅有1只公羊,XD、ZY、ML、SB、TJ核心育种场分别有18、10、8、5和8个家系;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.099641,29只公羊的近交系数＜0.0625,39只公羊的近交系数在0.0625～0.125之间,32只公羊近交系数＞0.125,存在较大的近交累积.[结论]100只云上黑山羊主配公羊被分为28个家系,其中11个家系仅有1只公羊,应加强繁育防止其血统的流失,配种方案制定中应关注近交系数＞0.125的个体,防止近交衰退,同时根据不同的育种目标合理进行种公羊的交换.