摘要[目的]研究断奶仔猪肠道古菌菌群结构功能,分析古菌与断奶仔猪腹泻的相关性,为防治断奶仔猪腹泻提供理论依据.[方法]选取同批次24日龄健康断奶仔猪(H组)和腹泻断奶仔猪(D组)各32头,采集粪便后通过16S rRNA基因测序分析两组粪便样本古菌菌群结构,使用PICRUSt2软件预测肠道古菌功能,分析差异古菌与断奶仔猪腹泻的相关性.[结果]健康和腹泻断奶仔猪腹泻评分差异显著(P＜0.05).广古菌门(Euryarchaeota)、泉古菌门(Crenarchaeota)和奇古菌门(Thaumarchaeota)为健康和腹泻仔猪优势古菌菌门;健康仔猪优势菌属为甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、Euryarchaeota_norank和甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter).腹泻仔猪优势菌属为Euryarchaeota_norank、甲烷八叠球菌属和甲烷短杆菌属.腹泻仔猪菌群多样性和丰富度高于健康仔猪,且健康和腹泻断奶仔猪的古菌菌群结构和功能差异显著(P＜0.05),古菌菌群结构差异主要体现在甲烷八叠球菌属、Euryarchaeota_norank、恐硫球菌属(Sulfophobococcus)、Nitrosarchaeum、热网菌属(Pyrodictium)等菌属上;古菌菌群功能差异主要体现在脂多糖的生物合成、氨基酸生物合成、抗原处理和表达等通路上.相关性分析发现,甲烷八叠球菌属、恐硫球菌属、Euryarchaeota_norank、甲烷暖球菌属(Methanocaldococcus)、火球菌属、甲烷卵圆形菌属(Methanocalculus)和Nitrosarchaeum的相对丰度与断奶仔猪腹泻均显著相关(P＜0.05).[结论]健康和腹泻断奶仔猪肠道古菌菌群结构和功能存在显著差异,腹泻断奶仔猪Euryarchaeota_norank相对丰度较高,而甲烷八叠球菌属相对丰度较低,Euryarchaeota_norank、甲烷八叠球菌属和恐硫球菌属与断奶仔猪腹泻存在相关性.