利用微卫星标记分析山西3个地方牛群体的遗传多样性和遗传分化

Analysis of Genetic Diversity and Genetic Differentiations in 3 Local Cattle Populations of Shanxi Province Using Microsatellite Markers

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摘要[目的]研究晋南牛、平陆山地牛和"太行云牛"3个群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况,为山西地方牛品种保护提供数据支持.[方法]采用12个微卫星标记对3个群体共230个个体进行PCR扩增、测序和分型,并对各群体的等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量以及群体间的遗传距离等参数进行评估.[结果]12个微卫星标记中等位基因数为2～15个.3个群体的有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量的平均值分别为 3.205～4.611、0.680～0.735、0.646～0.750 和 0.601～0.716.Hardy-Weinberg 平衡(HWE)检测结果显示,除晋南牛在HAUT27座位上显著偏离HWE外(P＜0.05),其余标记均未偏离HWE(P＞0.05).F统计量结果显示,群体内近交系数(FIS)为-0.012,群体平均近交系数(FIT)为0.043,群体分化系数(FST)为0.054.UPGMA系统发育树结果表明,平陆山地牛和晋南牛聚为一支,"太行云牛"则单独为一支.主坐标分析(PCoA)结果显示,晋南牛和平陆山地牛两个群体间存在较近的亲缘关系,且不同群体间存在一定的遗传交流.STRUCTURE结果进一步发现,3个群体间存在一定的群体混杂现象.[结论]山西3个地方牛群体内遗传多样性水平较高,各种群的系统发育关系相对独立,且晋南牛与平陆山地牛之间存在较多的基因交流.本研究结果有助于深入理解山西地方牛群体的遗传结构,并对品种保护方案的制订提供了重要的数据基础.