摘要[目的]利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料.[方法]采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列,利用SnapGene软件对所获序列与参考序列进行比对、校正,确定mtDNA D-loop区序列的长度和位置,并统计碱基含量;利用DnaSP 5.10软件统计哈萨克牛种群单核苷酸多态性(SNP)位点,并计算单倍型数(H)、核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)等参数;利用Arlequin 3.0软件分析哈萨克牛种群的遗传结构;采用Mega 11.0软件计算mtDNA D-loop区哈萨克牛种群的遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树.[结果]哈萨克牛群体mtDNA D-loop区全序列长909～911 bp,其A、G、T、C 4种碱基平均含量分别为32.8％、13.8％、28.8％和24.6％,AT含量高于GC含量,179个个体共检测到131个SNPs,其中变异位点占所测核苷酸全长的14.40％,定义了 89种单倍型,Hd和Pi分别为0.974和0.01288,表明哈萨克牛群体的遗传多样性十分丰富.分子变异分析结果表明,97.13％的变异属于群体内,2.87％则来自群体间变异,遗传距离为0.0109～0.0186,群体间遗传分化指数(Fst)为一 0.0053～0.0782,且均无显著分化(P＞0.05).系统发生树显示,新疆地区7个哈萨克牛群体有普通牛和瘤牛两大母系起源.[结论]新疆地区哈萨克牛源于两个母系,遗传多样性丰富.尽管群体间存在遗传分化,但并未形成明显的地理隔离,且遗传结构差异正在缩小.本研究结果为保护和利用哈萨克牛遗传资源提供了理论依据.