织金白鹅PPP3CA基因多态性及其与体尺性状的关联分析
Analysis of PPP3CA Gene Polymorphism and Its Association with Body Size Traits in Zhijin White Geese
摘要[目的]鉴定织金白鹅蛋白磷酸酶3催化亚基α(PPP3CA)的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并探究PPP3CA基因多态性对体尺性状的影响.[方法]以织金白鹅为试验对象,通过PCR扩增和Sanger直接测序法鉴定144羽织金白鹅PPP3CA基因SNPs位点,利用Excel 2010软件对基因频率、基因型频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)进行计算,分析Hardy-Weinberg平衡状态,利用SPSS 25.0软件一般线性模型(GLM)中单因素方差分析144羽织金白鹅体尺性状指标与SNPs位点间的关联性.[结果]在织金白鹅PPP3CA基因内含子 2、4 区域处共发现 9 个 SNPs 位点,分别为 g.58398 A>G、g.58504 A>G、g.58541 A>G、g.68997 A>G、g.69001 C>T、g.69034 C>T、g.69052 T>C、g.69070 T>C 和 g.69114 C>T.其中,除 g.69034 C>T 为低度多态性位点外(PIC<0.25),其余位点均为中度多态性位点(0.25<PIC<0.5).x2检验结果表明,位点g.58398 A>G、g.69001 C>T、g.69070 T>C 和 g.69114 C>T 符合 Hardy-Weinberg 平衡(P>0.05),而位点 g.58504 A>G、g.58541 A>G、g.68997 A>G、g.69034 C>T 和 g.69052 T>C 均偏离 Hardy-Weinberg 平衡(P<0.05).关联分析结果发现,在g.58504 A>G和g.58541 A>G位点中,GG基因型个体的髋骨宽极显著或显著高于AA基因型(P<0.01;P<0.05).[结论]织金白鹅PPP3CA基因共存在9个SNPs位点,其中g.58504 A>G与g.58541 A>G位点不同基因型与髋骨宽存在不同程度相关,表明以上位点可作为织金白鹅分子标记辅助选育参考位点,为深入研究鹅PPP3CA基因奠定理论基础.
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