摘要[目的]探究海南黑山羊产羔性状的分子遗传信息以及生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因多态性与产羔数间的相关性,以期为山羊多胎育种提供有用的分子标记.[方法]以海南黑山羊为研究对象,采集222只山羊的血液样本进行GDF9基因非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphism,nsSNP)筛选.采用SnaPshot方法进行基因分型,利用SPSS 19.0软件中一般线性模型对GDF9基因多态位点与海南黑山羊产羔数进行关联分析,并对nsSNP位点进行生物信息学分析.[结果]GDF9基因共检测到15个变异位点,其中错义突变位点7个:T755C、G1264T、G2296A、G2335A、C2730T、G2773A、C3330T;同义突变位点 6 个:G888A、T951G、A972C、T2631C、A2871C、G3101A;插入位点 2 个:3101G3102 和 3140T3141.755 bp处发生的T→C突变导致蛋氨酸(Met)变为苏氨酸(Thr);1 264 bp处发生的G→T突变导致丙氨酸(Ala)变为丝氨酸(Ser);2 296和2 335 bp处发生的G→A突变导致缬氨酸(Val)变为异亮氨酸(IIe);2 730 bp处发生的C→T突变导致亮氨酸(Leu)变为苯丙氨酸(Phe);2 773 bp处发生的G→A突变导致丙氨酸(Ala)变为苏氨酸(Thr);3 330 bp处发生的C→T突变导致脯氨酸(Pro)变为亮氨酸(Leu);而在3 101～3 102、3 140～3 141 bp处G与T的插入使得氨基酸完全改变.海南黑山羊T755C位点TT和CC基因型个体的平均产羔数显著高于TC基因型(P＜0.05),G2335A和G2773A位点AA基因型个体的平均产羔数均显著高于GG和GA基因型(P＜0.05),C2730T位点TT基因型个体的平均产羔数显著高于CC和CT基因型(P＜0.05).nsSNP功能性预测及高级结构分析结果显示,T755C→M252T、C2730T→L912F、G2335A→V780I、G2296A→V767I、G2773A→A926T 5 个 nsSNPs 位点均属于有害突变,其中,T755C→M252T、C2730T→L912F位点的mRNA二级结构和蛋白三级结构变化较大,可能对蛋白功能有较大影响.[结论]本研究预测到海南黑山羊GDF9基因的5个有害突变位点,结合与产羔数的关联分析和蛋白功能预测,推测T755C→M252T、C2730T→L912F 2个位点可作为海南黑山羊多胎性状选育的分子标记,为山羊多胎分子标记辅助育种提供了参考依据.