换一批合作猪CXCL12基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
Cloning,Bioinformatics Analysis and Tissue Expression of CXCL12 Gene in Hezuo Pigs
摘要[目的]对合作猪基质细胞衍生因子-1(stromal cell-derived factor 1,SDF-1(CXCL12))基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在不同组织中的表达水平,为研究CXCL12基因的功能奠定基础.[方法]以合作猪心脏组织cDNA为模板,采用PCR扩增、克隆CXCL12基因CDS区序列并测序,对所获序列进行相似性比对及系统进化树构建.利用生物信息学软件对合作猪CXCL12蛋白进行理化性质及结构功能分析.运用实时荧光定量 PCR检测CXCL12基因在合作猪各组织内的表达水平.[结果]合作猪CXCL12基因CDS区全长351 bp,编码116个氨基酸;与马的亲缘关系最近,与羚羊的亲缘关系最远.CXCL12蛋白不存在跨膜区和信号肽,但存在1个低复杂度的SCY结构域,亲水性指数为-0.347,属于亲水性蛋白,包含12个磷酸化位点;二级结构主要为无规则卷曲(54.31％)和α-螺旋(32.76％),三级结构与二级结构相一致;该蛋白主要分布于细胞核和线粒体,并与CCL21、CXCL9等蛋白存在相互作用.实时荧光定量PCR结果显示,CXCL12基因在合作猪肝脏中的表达量极显著高于其他组织(P＜0.01),在肾脏和心脏中的表达量极显著低于其他组织(P＜0.01).[结论]本研究成功克隆合作猪CXCL12基因CDS区,编码116个氨基酸,主要分布在细胞核和线粒体中,是一种稳定、亲水且无跨膜结构的分泌蛋白.CXCL12基因在合作猪肝脏中的表达量最高.本研究结果可为进一步揭示CXCL12基因调控合作猪免疫机制提供参考.
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DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2025.06.003
发布时间
2025-07-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
甘肃农业大学畜牧学养猪产业技术创新团队项目（GAU-XKTD-2022-25）
甘肃地方猪种质资源保护及品质提升（GSLK-2021-13）
岷山黑猪新品种培育及关键技术集成推广（22ZD6NA044）
甘肃迭部蕨麻猪科技小院
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