摘要[目的]探究阿什旦牦牛的分子遗传多样性和群体遗传结构组成.[方法]试验选取52头阿什旦牦牛(32头公牛、20头母牛),通过PCR方法扩增其线粒体DNA控制区(mitochondrion DNA D-loop,mtDNA D-loop)序列并测序,基于核苷酸序列变异探究阿什旦牦牛的母系遗传多样性和群体遗传结构.利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-chromosome single nucleotide polymorphism,Y-SNP)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3 和OFD1Y10)和 1 个 Y 染色体微卫星(Y-chromosome short tandem repeat,Y-STR)标记(INRA189),对 32 头阿什旦牦牛公牛进行PCR扩增和测序分型,分析其父系遗传多样性和群体结构组成情况.[结果]①PCR扩增测序共获得52条阿什旦牦牛mtDNA D-loop序列,长度为617～618 bp.比对分析共检测到49个SNPs位点,包括6个单一多态位点和43个简约信息位点;根据D-loop区序列间核苷酸变异共确定了 29种单倍型.母系遗传多样性分析显示,阿什旦牦牛的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.954±0.017和0.018±0.009.系统发育分析显示,阿什旦牦牛由Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ2个母系遗传支系组成,其中Mt-Ⅰ为优势支系,由单倍型组A(H5、H6、H11～H14、H16～H18、H24～H27 和 H29)、B(H1、H3、H15 和 H23)和 E(H2 和 H28)组成,占 68.97％;Mt-Ⅱ 支系由单倍型组 C(H4、H7、H9 和 H21)和 D(H8、H10、H19、H20 和 H22)组成,占 31.03％.②基于 Y-SNP 和 Y-STR 分子标记的联合分型,在阿什旦牦牛中共确定6种Y染色体单倍型(H1Y1、H2Y1、H6Y1、H8Y1、H9Y1和H11Y2).父系遗传多样性分析显示,阿什旦牦牛Y染色体单倍型多样度为0.742±0.049.系统发育分析显示,阿什旦牦牛6种Y染色体单倍型聚为Y1和Y2两个父系支系,占比分别为65.62％和34.38％.[结论]阿什旦牦牛拥有丰富的母系、父系遗传多样性,由2个母系支系(Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ)和2个父系支系(Y1和Y2)组成,与中国大多数牦牛品种(群体)的遗传结构组成相似.