换一批基于全基因组重测序分析攸县麻鸭群体遗传结构和遗传多样性
Analysis of Population Genetic Structure and Genetic Diversity of Youxian Partridge Duck Based on Whole Genome Resequencing
摘要[目的]分析攸县麻鸭保种群的群体遗传结构和遗传多样性,以更好地保护和利用攸县麻鸭这一遗传资源.[方法]本研究从攸县麻鸭保种场的30个家系中各选取1只公鸭进行翅静脉采血并提取DNA,通过全基因组重测序(WGS)获取遗传信息.基于30只公鸭的重测序数据,采用观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、群体近交系数(Fis)、多态信息含量(PIC)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)和香农指数(SHI)等指标评估群体遗传多样性;同时通过G矩阵、主成分分析(PCA)、群体结构分析和连续纯合性片段(ROH)分析揭示保种群体的遗传结构.[结果]经过检测和筛选获得攸县麻鸭采样群体的单核苷酸多态性(SNPs)位点18 853 217个;G矩阵结果显示,大部分个体间亲缘关系较远,仅少数个体存在较近的亲缘关系;PCA将样本分为3个亚群,大部分样品较为聚集;各亚群中,亚群1与亚群3之间的群体分化指数(Fst)为0.051,有中等程度的分化,其余亚群之间Fst均小于0.050;在群体遗传结构分析中,当K=2时,群体被最优地分为2个群体;攸县麻鸭群体的He略大于Ho(0.299 vs.0.288),PIC、Nei 和 Ne 分别为 0.258、0.324 和 1.524;群体共检测出 493 个 ROH,ROH 总长度为 333.80 Mb,FROH平均值为0.011.[结论]攸县麻鸭保种场群体的遗传结构相对稳定,存在一定程度的近亲关系但处于相对较低水平,后续的保种工作需要加强外部血缘的引入,合理规划配种方案,做好内部管理,以维持较低的近交水平.
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关键词
全基因组重测序攸县麻鸭遗传多样性群体遗传结构保种whole genome resequencingYouxian partridge duckgenetic diversitypopulation genetic structureconservation
分类号
S834
栏目名称
DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2025.09.018
发布时间
2025-09-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
长沙市自然科学基金项目（kq2402133）
湖南省家禽产业技术体系（HARS-06）
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