换一批石潭鸡与中国地方鸡种mtDNA密码子偏好性分析
Analysis of mtDNA Codon Usage Bias in Shitan Chickens and Native Chicken Breeds of China
摘要[目的]分析石潭鸡与中国其他地方鸡种线粒体DNA(mtDNA)基因序列的密码子使用模式及特性,探究石潭鸡与中国主要地方鸡种的进化关系.[方法]获取10只健康成年石潭鸡的mtDNA基因序列,采用CodonW 1.4.2软件分析其与中国17个地方鸡种mtDNA基因密码子使用偏好性,计算密码子偏好参数,并进行偏好性密码子的聚类分析、氨基酸分析、因子相关性及基因序列的聚类分析.[结果]石潭鸡与中国主要地方鸡种的mtDNA序列均倾向于使用以C碱基结尾的密码子,而以G碱基结尾的密码子使用频率较低.石潭鸡以CGA、CUA、ACC、UUC等27个密码子的相对密码子使用度(RSCU)均＞1,为偏好性密码子.石潭鸡与桃源鸡、五华三黄鸡、广西三黄鸡、如皋黄鸡、海南文昌鸡、河田鸡和皖南三黄鸡的密码子偏好性相近,进一步选取上述7个鸡种展开分析,明确石潭鸡与该群体在遗传层面的关联特征,氨基酸组成分析显示,石潭鸡线粒体中亮氨酸含量最高,其次为异亮氨酸和苏氨酸,8个鸡种以AC和GU结尾的密码子呈现明显分化,且AC结尾密码子的含量较高.基于mtDNA基因序列的聚类分析发现,石潭鸡与如皋黄鸡的亲缘关系最近.[结论]石潭鸡与中国主要地方鸡种mtDNA序列均表现出以C碱基结尾密码子的显著偏好,且AC结尾的密码子含量相对较高;石潭鸡线粒体中亮氨酸含量最高,与如皋黄鸡的亲缘关系最近.
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