美系大白猪PTER和CALB2基因多态性与生长性状的关联分析
Association Analysis of PTER and CALB2 Gene Polymorphisms with Growth Traits in American Yorkshire pigs
摘要[目的]探究磷酸三酯酶相关基因(phosphotriesterase related gene,PTER)和钙结合蛋白 2(calbindin 2,CALB2)基因多态性与美系大白猪生长性状之间的相关性,为美系大白猪的生长性状分子育种提供新的标记资源.[方法]选取385头达100 kg体重的美系大白猪,测定其背膘厚,采集耳组织样品提取DNA后,根据猪参考基因组(Sscrofa 11.1)序列设计引物,通过PCR产物直接测序鉴定美系大白猪群体PTER和CALB2基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用POPGENE软件对SNP位点进行遗传多样性分析,并利用SPSS 23.0软件分析其与美系大白猪生长性状的相关性.[结果]多态性检测结果显示,美系大白猪PTER基因g.45384562 G>C位点存在3种基因型:GG、GC和CC,优势等位基因型为GG(0.5403),优势等位基因为G(0.7468);CALB2基因g.14391325 G>A位点存在3种基因型:GG、GA 和AA,优势等位基因型为GA(0.4545),优势等位基因为A(0.5545).群体遗传分析结果表明,PTER和CALB2基因2个SNPs位点的多态信息含量(PIC)分别为0.31和0.37,属中度多态性(0.25<PIC<0.5).关联分析结果显示,PTER基因g.45384562 G>C位点对美系大白猪校正100 kg体重日龄无显著影响(P>0.05),GG基因型个体的校正100 kg活体背膘厚显著高于GC和CC基因型(P<0.05);CALB2基因g.14391325 G>A位点对美系大白猪校正100 kg体重日龄及校正100 kg活体背膘厚均存在极显著影响(P<0.01).联合效应分析表明,PTER基因CC基因型与CALB2基因AA基因型的合并基因型CCAA是与缩短校正100 kg体重日龄和降低校正 100 kg活体背膘厚相关的较优基因型组合,其对应个体的这 2个性状指标均低于其他个体.[结论]本研究在美系大白猪群体中鉴定了PTER和CALB2基因的2个SNPs位点,且与生长性状存在显著关联,这2个位点(尤其CCAA合并基因型)在美系大白猪的遗传改良中具有一定的应用前景.
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