基于宏基因组学解析新疆褐牛瘤胃微生物与泌乳性能的关联机制
Macrogenomics-based Analysis of the Association Mechanism Between Rumen Microorganisms and Lactation Performance in Xinjiang Brown Cattle
摘要[目的]挖掘影响新疆褐牛泌乳性能的关键瘤胃微生物,解析其与泌乳性能的关联机制,为微生物靶向选育高产新疆褐牛提供了理论依据.[方法]选取高泌乳量(H组)与低泌乳量(L组)新疆褐牛各4头,采集瘤胃液并提取微生物总DNA后进行宏基因组测序,对测序数据进行质控,将非冗余基因分别与KEGG、CAZy数据库进行比对,通过Pearson相关分析探究显著差异微生物(如LEfSe筛选的标志物)与显著差异KEGG通路/CAZy功能间的相关性.[结果]Welch's t检验显示,理研菌属、丁酸单胞菌属等丰度在两组间差异显著(P<0.05).LEfSe分析进一步筛选出包括亨利链球菌在内的6个潜在标志菌种(LDA>2).KEGG通路分析显示,果糖和甘露糖代谢等3条通路与泌乳量呈显著相关(P<0.05);LEfSe分析提示,甲烷代谢等4条通路可能影响泌乳.在CAZy层面,高泌乳量组中糖基转移酶4家族(GT4)、糖苷水解酶13家族(GH13)等10个CAZy家族显著富集.相关性分析显示,弹球菌属与肽聚糖生物合成等KEGG通路及GT4、GH13等CAZy家族呈显著正相关(P<0.05).[结论]低泌乳量新疆褐牛瘤胃中理研菌属、丁酸单胞菌属等富集,而高泌乳量新疆褐牛中踝节菌属、弹球菌属及特定普雷沃氏菌物种更丰富,且CAZy显著富集;关键微生物(如弹球菌属、亨利链球菌)与特定的KEGG通路和CAZy功能存在显著关联.
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