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基于ROH的乳肉兼用型西门塔尔牛近交评估与候选基因鉴定研究

Analysis of ROH-based Inbreeding Assessment and Candidate Gene Identification in Dual-purpose Simmental Cattle

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摘要[目的]基于连续型纯合片段(ROH)信息评估乳肉兼用型西门塔尔牛的近交系数,并对参与ROH的高频单核苷酸多态性(SNP)位点进行功能注释,揭示群体历史上可能受到选择的位点.[方法]采用GenoBaits Bovine 145K SNP芯片检测3个育种场共1 248头乳肉兼用型西门塔尔牛基因组信息,并进行主成分分析(PCA)和连锁不平衡(LD)分析,解析3个群体的遗传结构和特征.结合ROH信息计算近交系数,分别统计3个乳肉兼用型西门塔尔牛群体 SNP 位点参与 ROH 构成的频率,筛选出前 1%的 SNP 位点作为参与 ROH 的高频 SNP 位点,运用ANNOVAR软件对高频SNP位点进行基因注释,并鉴定候选基因.[结果]PCA结果显示,2与3号育种场部分乳肉兼用型西门塔尔牛个体存在交集;2号育种场LD衰减速度最快,遗传多样性相对较高;1号育种场LD衰减最慢,遗传多样性相对较低;3个育种场乳肉兼用型西门塔尔牛的观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.357和0.353.ROH片段长度分布显示,短片段(1～2 Mb)在所有ROH中占比最大,3个育种场的平均近交系数(FROH)为0.043～0.055.在3个育种场乳肉兼用型西门塔尔牛群体中参与ROH的高频SNP位点区域筛选出18个基因存在重叠,分布在6、22和23号染色体上,显著富集于黏着斑和Ras信号通路.[结论]3个育种场的乳肉兼用型西门塔尔牛群体间存在遗传联系,2号育种场遗传多样性高于1和3号育种场,且群体中存在一定程度的近交事件;筛选出的18个候选基因显著富集于黏着斑和Ras信号通路.研究结果可为乳肉兼用型西门塔尔牛的选育提供潜在的重要候选基因.

作者李思雨 ^[1] 孙岩 ^[2] 王夕虎 ^[3] 王传军 ^[4] 程黎明 ^[5] 郭杨 ^[5] 刘怡梦 ^[1] 苏佳鹏 ^[1] 木尼热·麦麦提 ^[1] 王路元 ^[1] 张晓雪 ^[1] 黄锡霞 ^[1] 姚闰晨 ^[6] 胥磊 ^[1] 学术成果认领

作者单位新疆农业大学动物科学学院,乌鲁木齐 830052 ^[1] 新疆豪子畜牧业有限公司,昌吉 831399 ^[2] 新疆呼图壁种牛场有限公司,昌吉 831203 ^[3] 伊犁创锦犇牛牧业有限公司,伊犁 835300 ^[4] 新疆维吾尔自治区畜牧总站,乌鲁木齐 835099 ^[5] 伊犁州畜牧科学研究所,伊宁 835000 ^[6]

关键词乳肉兼用型西门塔尔牛连续型纯合片段近交系数候选基因 dual-purpose Simmental cattle runs of homozygosity inbreeding coefficient candidate gene

分类号 S823.2 Q78（分子生物学基因工程《遗传工程》）

栏目名称

专题:奶牛育繁科技创新进展Ⅲ

DOI 10.16431/j.cnki.1671-7236.2026.06.016

发布时间 2026-06-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

基金项目

国家重点研发计划（2024YFD1300105-2）集团级科研项目（2025JTKY02-002）昌吉州科技计划项目（2025Z07）新疆农业大学大学生创新训练计划项目（dxscx2025088）