换一批乳肉兼用及乳用牛5K液相芯片的开发与验证
Development and Validation of a 5K Liquid-phase Chip for Dual-purpose and Dairy Cattle
摘要[目的]为满足中国乳肉兼用牛和乳用牛在品种资源保护与亲缘关系鉴定中的实际需求,本研究旨在开发一款兼具品种鉴定与亲子鉴定功能的5K液相芯片.[方法]通过构建包含中国荷斯坦牛、娟姗牛、三河牛、新疆褐牛、中国西门塔尔牛、蜀宣花牛和邓川牛7个目标品种和9个辅助品种的314头参考群体,获得全基因组测序数据并提取高质量单核苷酸多态性(SNP)位点.采用Delta值和群体分化系数(Fst)筛选用于品种鉴定的SNP位点,并利用朴素贝叶斯、支持向量机、K-最近邻和随机森林 4种机器学习算法构建分类模型.根据国际动物记录委员会(ICAR)数据库提供的标准位点信息,获取用于亲子鉴定的SNP位点,并通过综合排除概率(CPE)评估其鉴定可靠性.采用液相探针精准定位测序分型技术(cGPS)设计并构建 5K 液相芯片.[结果]经 Delta值(≥0.3)和 Fst(≥0.2)筛选,共获得5 470个品种鉴定SNPs位点.基于此位点集构建的分类模型中支持向量机表现最优,分类准确率高达99.23%.在亲子鉴定方面,共获得522个亲子鉴定SNPs位点,其累积排除概率高达0.9999,展现出极强的非父排除能力.研究制备的 5K 液相芯片包含 4 209个品种鉴定探针和 522个亲子鉴定探针,平均检出率为99.97%,技术重复样本的平均基因型一致率为99.80%,表现出高灵敏度和高重复性.[结论]研究成功开发了一款5K液相芯片,集成了品种及亲子鉴定SNP探针,性能稳定可靠,为中国乳肉兼用牛和乳用牛的培育工作提供了坚实的技术支持.
更多相关知识
关键词
乳肉兼用牛乳用牛品种鉴定亲子鉴定液相芯片dual-purpose cattledairy cattlebreed identificationparentage verificationliquid-phase chip
分类号
S823.2
栏目名称
DOI
10.16431/j.cnki.1671-7236.2026.06.017
发布时间
2026-06-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点研发计划（2021YFD1200903）
国家重点研发计划（2023YFF1000902）
国家自然科学基金（32302706）
现代农业产业技术体系项目（CARS-36）
长江学者与创新团队发展计划（IRT1191）
河北省科技计划揭榜挂帅项目（23227602Z）
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