摘要[目的]本研究基于全基因组重测序(whole genome resequencing,WGR)技术对梅花鹿产茸性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),以挖掘梅花鹿产茸性状的候选基因,为实现高产茸量个体的早期精准筛选与定向选育提供理论基础.[方法]采集 266 只产茸时期梅花鹿的血样并提取 DNA,通过DNBSEQ-T7 测序平台进行 WGR,使用 GEMMA 软件的混合线性模型对产茸性状进行 GWAS.利用ANNOVAR软件对关联的单核苷酸多态性(SNP)位点进行注释,进一步通过PCR扩增进行检测.[结果]梅花鹿血样 WGR 共获得 60 317 854个 SNPs位点,通过 GWAS共检测到 67个与产茸性状显著关联的 SNPs位点(P<1×10―6).结合基因功能注释结果,进一步选取3个SNPs位点,对其对应的基因(COMT1、FMNL2及CRYM)进行 PCR检测,结果显示,上述基因内部所含的与产茸性状关联的 SNP位点均存在多态性.[结论]本研究基于WGR 数据,通过 GWAS 共筛选获得 67 个与梅花鹿产茸性状潜在相关的 SNPs 位点,其中筛选到的 COMT1、FMNL2及CRYM可能是影响产茸性状的重要候选基因,这些候选基因可作为分子标记辅助育种的潜在靶点,为解析梅花鹿产茸性状的遗传基础提供了有效分子标记.
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